Pesantren ini disebut Martin Van Bruinessen dalam bukunya (2008) sebagai pesantren besar dan terkenal di Indonesia. Jumlah santri ponpes ini mencapai ribuan orang dan pesantren ini menawarkan pendidikan Islam ajaran salafiyah, serta mempromosikan pengamalan syariah ketat.
Namun, Van Bruinessen juga menyebut pesantren ini punya hubungan kontroversial dengan gerakan radikal NII palsu. Beberapa pengurus pesantren ini juga diduga terlibat dengan NII.
Baca Juga: Pengasuh Ponpes Bumi Shalawat Matangkan Prabowo-Cak Imin untuk Maju Pilpres 2024
Peneliti Umar Abduh (2002) juga membahas peran Pesantren Al Zaytun dalam gerakan NII dan isu terkait gerakan ini, dalam buku investigasinya. Menurut Abduh, Al Zaytun diduga salah satu pusat gerakan NII yang mengajarkan ideologi radikal dan berbahaya.
Umar Abduh juga mengangkat kasus pelecehan seksual oleh pimpinan pesantren yang merugikan para santri wanita di bawah umur.
Khazanah Islam: Awas! Ini Sederet Posisi Seks yang Dilarang dalam Islam, tapi Nomor 2 Sering Dilakukan
