Selain itu, sejak didirikannya Kemenag, tercatat sudah ada 27 menteri yang menjabat sebagai Menteri Agama. Berikut daftar Menteri Agama dari masa ke masa beserta tahun menjabatnya, dihimpun dari sumber lain:
Daftar Menteri Agama
- Rasjidi (Januari 1946 - Oktober 1946)
- Fathurrahman Kafrawi(Oktober 1946 - Juni 1947)
- Achmad Asj'ari (Juli 1947 - Oktober 1947)
- Anwaruddin (Oktober 1947 - November 1947)
- Masjkur (November 1947 - Agustus 1948; Agustus 1949 - Desember 1949; Desember 1949 - Januari 1950; Juli 1953 - Agustus 1955)
- Teuku Mohammad Hasan (Desember 1948 - Maret 1949)
- Wahid Hasyim (Desember 1949 - September 1950; September 1950 - April 1952)
- Fakih Usman (Januari 1950 - September 1950; April 1952 - Juli 1953)
- Muhammad Ilyas (Agustus 1955 - Januari 1956; Maret 1956 - Juli 1959)
- Mohammad Sardjan (Januari 1956 - Maret 1956)
- Wahib Wahab (Juli 1959 - Maret 1962)
- Saifuddin Zuhri (Maret 1962 - Oktober 1967)
- Muhammad Dahlan (Oktober 1967 - September 1971)
- Mukti Ali (September 1971 - Maret 1978)
- Alamsyah Ratu Perwiranegara (Maret 1978 - Maret 1983)
- Munawir Sjadzali (Maret 1983 - Maret 1993)
- Tarmizi Taher (Maret 1993 - Maret 1998)
- Muhammad Quraish Shihab (Maret 1998 - Mei 1998)
- Abdul Malik Fadjar (Mei 1998 - Oktober 1999)
- Muhammad Tholchah Hasan (Oktober 1999 - Juli 2001)
- Said Agil Husin Al Munawar (Agustus 2001 - Oktober 2004)
- Muhammad Maftuh Basyuni (Oktober 2004 - Oktober 2009)
- Suryadharma (Ali Oktober 2009 - Mei 2014)
- Agung Laksono (Mei 2014 - Juni 2014)
- Lukman Hakim Saifuddin (Juni 2014 - Oktober 2019)
- Fachrul Razi (Oktober 2019 - Desember 2020)
- Yaqut Cholil Qoumas (23 Desember 2020 - Sekarang)
Baca Juga: Sejarah Hukuman Rajam Yang Sampai Sekarang Belum Bisa Dibuktikan
Khazanah Islam: Awas! Ini Sederet Posisi Seks yang Dilarang dalam Islam, tapi Nomor 2 Sering Dilakukan