Walau demikian, secara umum bangunan itu tetap didominasi oleh terpengaruh budaya Jawa. Misalnya, pada bagian atap. Sedangkan budaya Madura terlihat dari pilihan warna pada pintu utama dan jendela masjid.
Pemasangan pagar tembok yang mengelilingi masjid dimaksudkan agar para jemaah lebih berhati-hati dalam menjalankan ibadah salat dan mendengarkan khotbah.
Sementara itu pintu masjid berbentuk gapura memiliki filosofi berupa harapan dari sang penguasa atau panembahan kepada rakyatnya, ketika menjalankan ibadah.
Di atas gapura, wisatawan akan menemukan ornamen berbentuk dua lubang tanpa penutup. Keduanya diibaratkan dua mata manusia yang sedang melihat.
Lalu lebih atas lagi, juga terdapat ornamen segi lima memanjang ke atas yang diibaratkan sebagai manusia yang sedang duduk dengan rapi menghadap arah kiblat.
Masih banyak simbol-simbol yang penuh makna dari gapura Masjid Agung Sumenep ini, salah satunya adalah ornamen rantai. Hal ini dimaksudkan agar kaum muslim haruslah menjaga ikatan ukuwah islamiyah agar tidak bercerai-berai.
